西方医学传入中国开始于明末清初，1568年葡萄牙天主教徒卡内罗（Melccior Carnero）在澳门白马庙设立“癫病院”，成为将西医传入中国的第一人。1582年意大利天主教士利玛窦（Matteo Ricci）来华，带来了西方天文、数学、地理、建筑等方面的知识，医学方面则是介绍了西方的“脑主记忆说”。日耳曼耶稣会士邓玉函完成了《泰西人身说概》一书，全书论述了人体骨骼系统、肌肉系统、循环系统、神经系统、感觉系统等的构造、生理与功能。法国传教医士罗德先曾为康熙治愈心悸症和上唇瘤，法国人刘应和、洪若翰在1693年用金鸡纳霜治愈了康熙的疟疾，使得传教士深得康熙信任。以上这些都是一些传教士在中国进行的医学的传播，由于当时西医在中国还未成立体系且传教士是非专业人士，他们的行为对中国的医学的影响很小。不久，清政府实行了闭关锁国政策，西医传入中国中止。这段时期现在一般称为“第一次西洋医学传入时期”。
“第二次西洋医学传入时期”开始于1805年牛痘接种术的传入。1805年英国人琴纳发明的牛痘接种术随东印度公司的外科医生皮尔逊（Alexander Pearson）传入了中国。皮尔逊在澳门行医，免费为中国人接种牛痘，其著作《种痘奇法》也于1817年翻译为中文，并且培养了多名中国助手，其中一名叫作邱熺。邱熺于1817年著成《引痘略》一书，用中医的医理解释牛痘术，使之为广大群众所接受。因牛痘的科学性及其疗效，这种方法很快就传遍了整个中国。之后，1820年英国传教士马礼逊和东印度公司船医李文斯敦在澳门开诊所以接近中国人民。1827年英国东印度公司传教医师郭雷枢也在澳门开设诊所，他们用外科小手术免费为中国人民治疗，并向英美教会呼吁派遣医生来华协助传教。虽然目的是为了传教，但同时也带来了西方的医学技术。美国教会分别于1830年、1834年分别派遣裨治文（Elijah Coleman Bridgman）、伯驾（Peter Parker）来华，其中伯驾于次年在广州成立了眼科医局，因中医治疗眼科疾病的效果不佳，凭借眼科手术伯驾很快赢得了当地人们的信任。但是他并不仅仅只行医传教，他很重视与地方官员的联系，通过治病获取情报。他曾多次给林则徐治病，并且在未得到林则徐许可的情况下为林则徐建立了病案，他说：“从医学上看，这个病案没有值得可以引起兴趣的地方……但是我想对于这样一个著名人物是值得注意的，他的行为是中英这两个大国间破裂的近因。”伯驾后来参加了《中英望厦条约》的签订，并因此晋升为驻华公使，被称为“当西方打炮不能举起一根横木的时，以一把手术刀打开了中国的大门”的人。1859年1月，伯驾的继任者美国的传教医生嘉约翰（John Glasgow Kerr）在广州南郊重建医局，更名为博济医院，这所在华历时最久的教会医院，一直存在到1949年。
自鸦片战争后，随着一系列不平等条约的签订，西方医学在中国展开了手脚。它以多种方式在中国的土地上伸展开来。主要表现有建立诊所和医院、开办医学院校、编译西医书刊和开展留学活动等方面。
建立诊所和医院
1842年《南京条约》签订后，中国被迫开放五大商埠，教会医院如潮水一样涌入中国，并成为帝国主义国家对中国进行文化侵略的重要工具，正如1842年博医会的报告中提出的“在中国和平又已到来，新条约内规定，对于医学传教事业予以种种便利。从此本会的方向，不限于帝国的一角，开设医院也不限于一埠”，西方的医学在中国毫无限制的生根发芽了。从1842年到1848年短短六年间，广州、厦门、宁波、上海、福州五个通商口岸全部建立了由西方教会医师开办的西式医院和诊所。有统计表明，1859年全国教会医师仅有28人；1876年出现6所教会医院和24个诊所；1897年有了教会医院60所；1905年发展到166所教会医院、241个诊所、301人教会医生，这些医院诊所和医生广泛分布于中国的二十多个省。其中有较有名的是：
1844年英国伦敦会传教医师雒魏林（W.Lockhart）在上海南市建立的“中国医院”，即后来的“仁济医院”，是上海最早的西式医院。
1861年。雒魏林来到北京开设西医门诊，1864年由英国传教士医师德贞(John Dudgeon)接任，次年德贞选择东城米市大街的一座寺庙，改建成“双旗杆医院”，1906年该院与其他几个医院合并为协和医院。
1906年美国医学博士胡美来到长沙，创办雅礼医院，1915年移交给湘雅医学会后更名为湘雅医院。该医院的主要支持团体是美国的雅礼堂（美国耶鲁大学的一个校友团体）。
近代有名的教会医院还有上海的广慈医院（1881）和同仁医院(1867)、南京鼓楼医院（1892）、苏州博习医院（1883）等，教会医院占清末在华西医医院的绝大多数。
教会医院是为了传教建立的，以医学作为传善形式之一吸引教徒。但同时教会医院成为西医在中国发展的基地，给中国医院的建立提供了参考，也为中国带来了先进的医疗方式和技术，如1847年，伯驾在中国实施了首例采用乙醚麻醉进行的外科手术，距西方首例公开乙醚麻醉手术不过一年。
开办医学院和吸引留学生
传教士在中国的医疗活动起先局限于临床医疗，如牛痘和眼科手术等，随着发展，为了满足医疗上的需要，他们开始培养中国助手，在医院或者诊所招收中国学徒，向他们传授简单的医学知识以进行护理助手的工作，主要是以师带徒的方式。1897年尼尔逊调查了60所在华教会医院，其中有37所兼带学徒，多数医院有学徒2~6名。中国早期的西医如邱浩川、关韬就是这种带徒方式培养出来的。这种方式成效不高，不能算成正规的医学教育，而且很难满足医疗需要。
1866年广州的博济医院建立了其附属医学校——博济医学校，成为外国教会在中国办的第一所医学校（该院最初只招男生，1879年招收了第一个女生，1904年扩建后改称为华南医学院，1917年由广州博医会接管，1930年改由广州岭南大学接办，解放后并入广州中山医学院）。其后还有1888年开办的苏州医院医学院，1896年开办的上海圣约翰学院医学系。“辛丑条约”签订以后，教会医学校相继在各省建成，发展很快，从1900年到1915年，建立了23所教会医学院、校，36个护士学校以及药学校、助产学校等。其中著名的有1901年在广州的广东女子医学校（1902年改称为夏葛医学校）、1903年设立的北京协和医学院（1906年由伦敦公会、美国长老会、美国公理会、美以美会国外布道会、英国圣公会、伦敦教会医事协会等联合组成，被批准立案，1908年正式开学，1915年由洛克菲勒基金会接收后改为协和医科大学，成为当时第一个得到清政府承认的最大的教会医学院）、1909年的齐鲁大学医学院、上海震旦大学医学院、1910年在成都成立的华西协和大学医学院、1911年福州的协和医学院、青岛的德国医学校、长沙的湘雅医学院等。学制多为4～5年，学生人数从10多人到数百人不等，毕业后授以学士学位。有些医学院都是在外国注册立案，如上海圣约翰大学于1906年向美国哥伦比亚注册，湘雅医学院在美国康涅狄克州立案等，这些学校的毕业生可以不经过考试直接升入注册过的美国州立大学或是挂钩合作过的大学，这使得教会医学院的吸引力大大增加。
除了在中国境内成立医学院，西方各国还吸引中国留学生。
西方资本主义为了完全统治中国进行了各方面的努力，慢慢的他们认识到，要实现这一梦想需要培养出一批为他们服务的知识分子。因此，吸引留学生成为他们进行文化侵略的一种手段。而清政府为了维护其统治，推行洋务运动，向国外派送官费留学生。另一方面，部分改良主义者和资产阶级革命派为了寻求救国救民的道路，也纷纷出国留学。基于这个时代的社会因素，19世纪末20世纪初，在我国近代史上掀起了第一次留学高潮
黄宽是我国自费留学欧洲学医的第一人。黄宽（1828~1878），名杰臣，号绰卿。1829年出生于广东香山东岸乡（现为珠海市香洲区唐家湾镇东岸村），出生月日不详。黄宽幼年父母早亡是中国第一批出国留学生之一，第一位留英学习西医并获得医学博士学位的学者。学成归国后从事临床与教学，医术精深，尤擅外科。成功进行中国首例胚胎截开术。他是最早任海关医务处医官的中国医家，又是中国最早担任西医教学的教师之一。
1907年日本和清政府订立了接受中国留学生的办法，由各省公费派遣学生去日本留学，短期内赴日的留学生达万人以上。其中学医者为数不少，据不完全统计，仅在1911年以前学成归国的就达到163人。中国去日本留学人数的大增引起了美国的注意，于1908年，美国国会通过罗斯福的咨文，提出“退款兴学”，将1900年八国联军侵华赔偿给美国的庚子赔款的半数偿还给中国，作为资助中国赴美留学生的经费，此后赴美留学生也逐年增加，我们国家著名的医学家沈克菲等人就是其中的学成归国者之一。学成归国的留学生，清政府根据他们的成绩分别授以医科进士或举人。
医学院的建立培养了一批早期的西医生，留学生回国后在中国的各大医疗卫生机构中担任重要职务，对当时的医疗卫生事业有很大的促进作用。
翻译医书和出版医学刊物
随着教会医院和医学院的建立，教会医生们开始翻译医学书籍。西医书籍在中国的发行也是传播西方医学的重要方法。
英国的传教士合信（B.Hobson）是最早在中国翻译西医医药书籍的人，他于1851年编译了一本《全体新论》（原名为《解剖学和生理学大纲》），这是第一本传入中国的系统的西方医学著作，主要介绍西方解剖学和生理学。于19世纪50年代出版的还有《博物新编》、《西医略论》、《妇婴新说》、《内科新说》等，这五本被后人合编为《合信氏医术五种》。博济医院的美国教会医生嘉约翰从1871年开始编译教材，出版了多达34本内容全面的书籍，如《内科全书》、《病症名目》、《西药略说》、《炎症》、《外科学》等。英国传教士傅兰雅1865年参加上海江南制造局翻译馆的工作，与赵元意合作翻译了《儒门医学》、《西药大成》、《医学法律》、《内科理法后编》等。丁福保1918年就编有《历代医学书目提要》，后又与人合编《四库总录医药编》，兼收中外医学书籍。从19世纪50年代到辛亥革命，大约有一百多种西医翻译书籍，这些书籍在近代时期较为流传，对西医学在中国的传播有很大的推动作用。
除了医学书籍的翻译，传教医生还创办了医学期刊。《西医新报》是最早在我国由医学机构编辑的具有现代涵义的西医医药期刊，由嘉约翰主办（1880年，季刊）；1887年博医会在上海编辑出版《博医会报》（于1932年1月与《中华医学杂志》英文版合并，更名为《中华医学杂志外文版》，即现在的《中华医学杂志》英文版），该刊为医学学术期刊，直至今日仍在出版，在国内外影响都很大，促进了西医在中国的传播与普及。
通过上述的方式，西医逐步进入中国，使中国持续了几千年的中医独踞的状态改变为中西医并存的局面，形成了中国特有的医学背景。
1. 中医的发展
自鸦片战争到辛亥革命期间，中医的整体发展是缓慢的，但个别方面也有一定的发展，如外治法方面的发展。
但受考据之风的影响，有许多医家仍一头钻入古书，从事繁琐的古医书考证校订、辑复工作。重要著作《内经》方面，有胡澍学的《黄帝内经素问校义》（1880）将《素问》中难理解的字、句、文义摘出30条，加以考据、训诂、释义而成、周学海的《内经评文》（1896）等，医籍陆九芝、陈在山等人关于运气学说的研究著作。《难经》方面，有叶霖的《难经正义》（1895）。《伤寒论》的校勘、注释、发挥较多，其著作多达上百种，较有名的有吕震声《伤寒寻源》（1850）、陆九芝《伤寒论阴阳病释》（1866）、包诚《伤寒审证表》（1870）。《神农本草经》方面主要有1844年顾观光辑复本4卷（参照《本草纲目》所载本经目录，从《证类本草》中辑出365种药物，并根据历代本草及《太平御览》等有关记述考订，于1844年编成《神龙本草经》重辑本4卷），流传较广。在这一时期，中医医案、医话、丛书的编撰也有一些成果。个人医案著作有《王旭高医案》（1879）、《张聿青医案》，皆以内科病案为主，前书侧重于外感温热病证，后书册中于内伤杂病，示人以辨证用药之法度。多人医案集，以魏之琇的《续名医类案》（1886）、柳宝治的《柳选四家医案》最具代表性，前者续补明《名医类案》，集辑清初以前而以明代以后各家医案为主，分345门，包括伤寒、温病、杂病以及外、妇、儿、五官等科病，尤以温病医案收录较多；后者辑录尤在泾、曹仁伯、王旭高、张仲华为清代江南名医医案，以内科杂病为主，理、法、方、药齐备，每案皆有柳氏评按，颇给人启迪。以上几部医案著作，对各科临床医生颇有参考价值。医话著作有陆以湉的《冷庐医话》（1858），赵晴初的《存存斋医话》（1881）、王旭高的《西溪书屋夜话录》（1897）。较著名的医学丛书有丁松生编辑的《当归草堂医学丛书》（1878），其中收有《颅卤经》、《卫济宝书》《产宝》等经过详细校勘的孤本；陆九芝编撰的《世补斋医书》（1884）正、续集；周学海的《周氏医学丛书》3集32种书。这些都是研究中医的宝贵材料。
在临床方面，成就较著的有诊断和外治法方面的进展。诊断方面最突出的是舌诊的进步。1874年，傅松元著了《舌苔统志》一书，在书中他将舌诊较好地应用到了辨杂病中，他认为杂病虽然为在里之邪，但是其在舌上有相关的表象，这是舌诊的一个新进展；此外他从舌色分门，改变了古人以苔色分门、将舌质与舌苔混为一谈的局面，他认为舌为本而苔为标，还创造了“淡白色”一名。1906年，梁玉瑜著《舌鉴辨证》，这本书以王文选的《舌鉴》为基，对其逐条进行辨正，在加入杂病察舌辨证之法，最终著成此书，书中载图149舌。这两者在舌诊方面的贡献在于根据实践所得去纠正前人的错误观点，在中医的发展中起到了推动作用。外治法方面突出的医家有吴尚先和马培之。1864年吴尚先著《理瀹骈文》，后人评价这是清代外治法中成就最大最具影响的一本书，这是一部理疗与外治法的专书，原名为《外治医说》；书中记录了作者的毕生所得——百余张膏药方及其制法与用法；他认为“外治之理即内治之理，外治之药即内治之药”。外治与“内治并行，而能补内治之不逮”；除了膏药贴穴位进行治疗之外，他的外治法还包括敷、熨、涂、熏、浸、洗、擦、搽、抹、嚏、吹、吸、捏、砸、坐、塞、踏、卧、刷、摊、点、滴、烧、照、缚、扎、刮痧、火罐、按摩等几十种，方法简单有效，深受广大群众欢迎；他的治疗范围达内、外、伤、妇、儿等各方面；可以说他的论著影响一直持续到现在，如哮喘的敷贴疗法等。1892年马培之著《外科传薪集》，总结了自己常用的经验方药及有关中医外科常用的器械，全书共收入临床备用方剂200余首，内容简明。
其他方面，如中医研究团体的建立、出版物的刊行等也有相应的发展，但是在当时社会环境和各方面的影响因素之下，中医的发展仍然比较缓慢，仅是对前人所得的考究、更正等，一点一点地完善。
2. 西方医学对中医的影响
在明代以前，中国的医学在世界上一直处于领先地位，国外的医学都是经验主义时代，对我国的医学没有产生影响。但是在西方思想解放后各个领域飞速发展之后，医学吸收自然科学所取得的成就以及医学自身思想的提升后从经验主义医学进入实验医学，在不同的学科也是硕果累累，较之中国的医学已经领先了很多。西医进入中国后，它在很多疾病上达到了好的治疗效果，在理论方面也给人以直观的形象。在传统医学的氛围中出现了一股具有实力的新力量，在相互比较中，当时的人们大致可以分为三派。
一派是民族虚无主义。这一派以受西方奴化教育的人为主，其中民族虚无主义思想严重者鄙视一切中国的传统文化，怀疑中国的医药，主张全盘西化，认为医学没有中西之分，只有玄学与科学之别。这些思想成为之后官僚买办政权消灭中医的思想基础。
另一派与上一派完全相反，是保守主义。他们排斥一切新事物，说中国人的体质与西方人不同，所以他们的解剖对我们没有作用。甚至用中医的理论来驳斥西医。
毫无疑问，对于一个事物的发展，以上两种派别采取的态度都是不科学的，这些都阻碍了中国医学的发展。
在这个时期，最有代表的是中西汇通学派的产生。对于“中西汇通”或是汇通思想的起源有多种记录。一说“中西汇通”之名始于徐寿所著的《医学论》，近代最早做这种尝试的是广东医家陈定泰及其孙陈珍阁，陈定泰认为“脏腑经络既真，则从前所有医书，觉治法竟有大别者！不得已另为发挥”，遂于1844年著成《医谈传真》，书中收录16幅解剖图，是我国第一本引用有西医解剖图的中医著作；陈珍阁于1890年著有《医纲总枢》，详细地介绍了西医学。他们两人在中西医理上的汇通做了尝试，但治疗方法上仍采用中医方法。一说最早提出中西医汇通的人是清代洋务派代表人物李鸿章，他在为《外国药方》（1890年）作序时写道：“倘学者和中西之说而汇其通以造于至精极微之境，与医学岂曰小补！”提出“合中医之说而会其通”的主张。
就笔者所搜寻的对中西医汇通的记载，述中国近代最早接受西医学说的医家是王宏翰（？～1770年）。王宏翰是天主教徒，与传教士的接触较多，经常一起研讨西医，西医的生理学对他的影响最大。他认为西医水、风（气）、火、土的四元素说与中国的五行之说颇相似。于是尝试将中西医融合，他与太极阴阳相沟通，再采用西医学说著成《医学原始》一书，从胎生学的角度来阐发中医的名门学说。其他的如赵学敏、王学权、罗定昌、王清任都是早期接受西医知识的医家。
