在数千年前，中国就设立了专门的医官机构，并被历代沿袭。清朝时，也延续 了这一传统。太医院便是清朝设立的医官机构。太医院不仅名字承袭明朝，就连衙门的地址，也在过去明朝的旧址上。
当时太医院在整个皇宫的东面，在礼部衙门的后面向西走，正阳门内向东，位于东交民巷内。太医院在这个位置占了二百多年，一直到晚清光绪庚子年，东交民巷被划为各国驻华使馆区域，太医院才搬到地安门外的东南方向。
清朝时，太医院的内部机构，还算是比较专业的。太医院内根据专业不同，分为不同科，每个科都有专门的大夫负责。这个划分，也是延续明朝的制度。明朝时，太医院有十三科。
清朝初年，太医院仍有十一科。分别是大方脉科、小方脉科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、接骨科、伤寒科、咽喉科、痘科。这个划分跟明朝的区别在于，明朝太医院中多了按摩科、金镞科、祝由科。而清朝初年，太医院多了痘科。
这个区别，跟当时的现实环境有关。祝由科和按摩科的废除，主要是因为这两个科的技能，在明朝末年就失传了。
而增设痘科，主要是为了治疗天花。清朝入关时，从皇室到民间，有许多人因为天花丧命。天花影响极大。就连康熙称帝，也跟天花有关。
因为当时传教士建议，康熙小时候得过天花不死，已经有免疫力，将来称帝后，不用担心会得天花早夭。由此可见天花在当时造成的威慑力。不过，到康熙称帝后，开始采取人痘接种的办法，让人可以对天花产生免疫力。
因此，天花的传染，被逐渐得到控制，痘科也不在那么重要，它就被并入小方脉科中。而喉科、齿科也被合并为一科。到康熙时，太医院仅剩九科。
到嘉庆时期，又把接骨科划归上驷院的蒙古医生兼任。接骨科就从太医院裁撤。道光时期，朝廷认为，针灸虽然是流传很久的医术，但皇帝毕竟身份尊贵，不适合用这种办法治疗。所以，针灸在道光时，也被太医院永久裁撤。太医院仅剩七科。
根据《光绪会典事例》的记载，到光绪时，太医院已经被裁撤到仅剩大方脉科、小方脉科、外科（原疮疡科）、眼科、口齿科。在整个清朝，太医院其实是不断变化、裁撤的。
而在太医院内，宣统以前，级别最高的是五品官，被称为太医院院使。也就是说，太医院在清朝时，属于五品衙门。而在太医院院使下，则是左院判、右院判。它们的官阶为正六品。至于御医，则是太医院内的下属官员。
他们官阶为正七品。清朝官制从一品到九品，每一品分为正、从两个级别。在清朝时，太医院的官职，级别都不算特别高。因为他们主要是服务人员。
按照《嘉庆会典事例》记载，御医以下，又有吏目、医士、医生等职位。不过，这些职位中，除了吏目是从九品，医士、医生都属于不入流。
当然，从九品属于最末等的官职。不过，医士可以使用九品冠带。算是一种优待。不过，到宣统年间，太医院的级别曾被提到四品衙门的位置。但是，没过多久，大清就亡了。
太医院的这些官员，选拔都有标准的次序。除了皇帝钦点的御医，其余人都是从科举中挑选精通医理的人才或各省挑选来的医生。也有一些是太医院自己培养的人才，只是这些学生基本都是医官的孩子。
作为医生，他们的日常工作，自然就是看病。看病的对象，除了皇帝，还包括嫔妃、太后、宫女、太监，有时还会外派给王公大臣看病。
看病的时候，如果是皇帝、嫔妃等人，还要专门建立一个档案，对于患者信息、医生信息、用药方子等都需要详细备案。这个做法，自然是担心太医用错药误诊。
不过，如果是真的病入膏肓，无药可救的，太医最多是受到责罚，极少会处死。比如为同治、光绪驾崩前为他们诊断的太医，虽然皇帝去世，但他们受到的处罚只是革职，但仍带罪当差。如果是宫女、太监，在诊断时，就没有专门的个人档案，太医需要担负的责任就没那么重了。
