提起蔡元培，人们首先想到他是北大校长，是毛泽东所赞誉的“学界泰斗，人世楷模”，是他在北大提出的“思想自由，兼容并包”的办学方针。不过，在巨大的光环下，很多人不知道他还有一个鲜为人知的身份——刺客。
清朝末年，由于清政府的腐败无能、丧权辱国，各地爱国志士纷纷组织爱国团体进行革命活动。1902年4月，由蔡元培、叶瀚、蒋智由等发起，在上海成立中国教育会，该会“以教育中国男女青年开发其知识而增进其国家观念，以为他日恢复国权之基础为目的”。1902年暑期，留日学生因要求学陆军，遭到清政府反对，留日学生被日本警察强行遣送回国。国内外志士非常愤慨，教育会就准备自办学校，培养人才。同年11月，南洋公学100余名退学学生办爱国学社，得到教育会的资助。这一年的冬天，教育会又兴办爱国女学。
中国教育会每周率领爱国学社社员至张园开会演说，宣传革命，听众有1000余人，震动东南各省。教育会还组织学生义勇队，进行军事训练;在所办的学校设物理、化学课，研制炸药，以便准备暴动。中国教育会遂由新学界的中心转变为江浙一带宣传革命的中心，也是各地革命者秘密接头的机关。
1904年上半年，在和黄兴领导华兴会的同时，以杨笃生为首的东京留日学生军国民教育会秘密成立了“暗杀团”，打算从暗杀下手，行刺清廷的实际掌权人慈禧太后。暗杀团成员何海樵回上海活动，介绍蔡元培入团。蔡元培认为，暗杀需要自制方便、秘密、快速而且容易伪装隐蔽的武器，他决心研制化学毒药。要研制化学毒药就需要有懂化学的人，他马上又将爱国女校的化学教师钟宪鬯、俞子夷吸收入暗杀团。在加入暗杀团时，举行了类似会党的“歃血为盟”的庄严仪式。据蔡元培叙述：“开会时，设黄帝位，写誓言若干纸，如人数，各签名每纸上，宰一鸡沥血于纸，跪而宣誓，并和鸡血于酒而饮之。其誓言则每人各藏一纸。乃教授制炸药法，若干日而毕。”
俞子夷配制出氰酸，蔡元培弄来一只猫，强迫灌下几滴，猫即中毒而死。后来蔡元培又认为液体毒药使用还不太方便，易被人发觉，如能改成固体粉末更好，于是急去书店买了一批药物学、生药学和法医学书籍，亲自领导研究。
不久，蔡元培觉得还是用炸药更好一些，随即转向研究炸药。他带领研制小组日夜攻关，终于自制出了一种体积小、威力大的炸药。另外，蔡元培认为女子去实行暗杀比男子更隐蔽些，因而他在爱国女校特别注重化学课的讲授，以便培养暗杀种子。
1904年10月下旬，华兴会的黄兴计划在慈禧太后生日之际，在长沙发动起义，因计划泄密，起义失败。黄兴等逃到上海，同杨笃生、陈天华、张继等人策划再次起义。11月19日，万福华在上海行刺前广西巡抚失败，被捕入狱。次日，章士钊到监狱探望，暴露了目标，暗杀团的秘密驻地上海余庆里被查抄，黄兴、张继等十余人被捕，于是上海的一些革命志士包括蔡元培只好暂时躲藏起来，上海的暗杀活动告一个段落。蔡元培短暂的刺客经历也告结束。
1884年，17岁的蔡元培考取秀才;1889年，中举人;1890年，蔡元培23岁时，进京会试得中成为贡士，未殿试;1892年，蔡元培25岁时，经殿试进士及第，被点为翰林院庶吉士;1894年，光绪甲午二十年蔡元培27岁时，春应散馆试，得授职翰林院编修。这样一个朝廷自己培养出来的知识分子怎么会变成针对朝廷的“穷凶极恶”的刺客杀手呢?要知道，他从小接受的就是忠君报效朝廷的思想教育。
清朝末年，内忧外患。以谭嗣同为代表的有识之士希望朝廷自身通过和平的改良手段(类似于日本的明治维新)走向富国强兵。人民曾寄希望于有光绪皇帝支持的戊戌变法能够改变封建专制体制，实现君主立宪。但由于变法触动了以慈禧为代表的保守派的利益，1898年的百日维新换来的只是戊戌六君子的六颗血淋淋的头颅。有识之士对朝廷抱有的一线希望彻底破灭，于是通过暴力推翻清廷逐渐成为社会的共识和行动，而暗杀只不过是革命力量弱小时不得不选择的暴力手段之一。它与大规模的武装起义相辅相成，互相补充。
蔡元培非常敬佩谭嗣同，谭嗣同因为变法而杀身成仁，这极大地打击了蔡元培对清廷的信任。他已经意识到，爱国与忠君不能混同，忠于腐败的朝廷等于祸国殃民。当他看到所忠之君所爱之朝廷已经无可救药的时候，他选择了革命，并毅然加入到反对朝廷的革命队伍里。不管是什么手段，只要于推翻朝廷有帮助，就毫不犹豫地接受和参与，当刺客已无关名节，搞暗杀再不是羞耻。
其实，和蔡元培有同样思想和行动的人不是一个两个，而是一群人，一代人。他们也都不是普通的草莽英雄，而是朝廷培养出来的知识分子。孙中山、黄兴、章太炎、汪精卫、徐锡鳞、秋瑾、仇鳌、陈其美、陈炯明……几乎囊括了中国近现代史上的大多数名人。共产党的创始人陈独秀也参与了蔡元培的暗杀活动。陈独秀在《蔡孑民先生逝世后感言》中回忆：“我初次和蔡先生共事，是在清朝光绪末年。那时杨笃生、何海樵、章行严等在上海发起一个学习炸药以图暗杀的组织。行严写信招我，我由安徽一到上海，便加入了这个组织。住上海月余，天天从杨笃生、钟宪鬯试验炸药。这时孑民先生也常常来试验室练习，聚谈。”
蔡元培等人暗杀的对象都是清廷的高官，与梁山好汉杀贪官好像没有什么区别。但梁山好汉只反贪官不反朝廷，杀人只不过是在现有体制内对用法律解决不了问题的极端反应，有许多杀戮还属于个人恩怨。而蔡元培等革命党人的暗杀不是针对个体，而是针对旧制度和旧制度的维护者，没有个人恩怨，甚至还“恩将仇报”。徐锡麟刺杀安徽巡抚恩铭之后被恩铭的手下抓住拷打。徐一度被恩铭所赏识和厚遇，恩铭担任安徽巡抚之后也为当地教育做出很大贡献。但是徐认为，恩铭的赏识是私人的，杀死恩铭为的是民族和国家。这需要多大的勇气和决心。
蔡元培一生经历了四个时期：清朝，南京临时政府，北洋军阀统治，国民党政权。著名学者辜鸿铭曾在课堂上对学生讲过：“中国只有两个好人，一个是蔡元培先生，一个是我。因为蔡先生点了翰林之后不肯做官就去革命，到现在还是革命;我呢?自从跟张文襄做了前清的官员以后，到现在还是保皇。”可见他对蔡元培颇为尊重。不过，让蔡元培始料未及的是，他一生革命为之奋斗所建立的国民党政权成了蒋介石的独裁政权。所以，他曾经说过“蒋介石是袁世凯第二，万不可信他”。
1940年3月5日，蔡元培在香港病逝。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送的挽联是：
从排满到抗日战争，先生之志在民族革命;
从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。
可惜，这两样在蔡元培的有生之年都没能实现。
