康熙二十六年（1687年），75岁的孝庄太皇太后离开了人世。但这位对清朝做出卓越贡献的老人却并没有被康熙安葬。
本来按照惯例，孝庄应当与皇太极合葬于关外昭陵，但事实上，孝庄却被一直停放在顺治孝陵之侧，直到雍正三年（1725年），雍正服父丧27个月之后，才动工兴修昭西陵。
将近四十年的时间，康熙始终不葬祖母，虽然事后雍正解释为康熙与祖母感情笃深，不忍下葬，但于情于理，这话始终说不通。
在中国传统的丧葬礼节中最讲究“入土为安”。感情深才更要及早入土安放，但康熙却没有这样做，这其中必有迫不得已的隐衷。
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根据史书记载，孝庄太皇太后在临终之时，告诉康熙，太宗的陵寝奉安已久，而且已有孝端皇后合葬，就不要再为自己重新动土了。况且自己还挂念着顺治和康熙父子，所以希望在顺治孝陵附近安陵。当然，这只不过是史官的一面之词，不免有美化太后之嫌，难以全部信服。
孝庄死后，康熙执意要在宫中为祖母守孝三年，后来因为众位大臣的反对，他才只戴孝两年。康熙之所以这样做，一是出于孝道，二是出于不可告人的伤痛。这话要从皇太极宾天西去说去。
皇太极死后，留下一个六岁的孩子福临，一个手无缚鸡之力的老婆，还有一个虎视眈眈的兄弟多尔衮。福临顺利被拥立为新皇帝，这种权力斗争的微妙结局，与福临的母亲所做的努力分不开。
当时最有能力继位的要算是多尔衮，但他为何会甘愿让一个毛孩子当皇帝？这就要提到福临的母亲孝庄太后了。孝庄为了保存皇太极的事业，不得不做出有悖伦常的事情，下嫁多尔衮的事情虽然没有得到考证，但失身想必是无法避免的了。
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这一点让孝庄碍于世俗礼法，无法与太宗合葬，但这是家丑，无法明说，康熙心里虽然明白太皇太后的苦衷，却也是只能吃个哑巴亏。这也大概就解释了为何康熙为孝庄戴孝两年，却迟迟不肯将其下葬的缘由。
顺治七年（1650年）时，张苍水所写的七言绝句《建夷宫词》引起了轰动，从中也能窥得些许缘由。
上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门。
春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚。
掖庭犹说册阏氏，妙选孀闺作母仪。
椒寝梦回云雨散，错将虾子作龙儿。
这首诗在民间迅速流传开来，但如果真如诗中所言，孝庄下嫁给多尔衮，封摄政王为“皇父”的话，那应该会颁诏文，公告天下才是，但却并没有这样的信息从宫中传出。所以孝庄与多尔衮之间的关系便成为了清初的疑案之一。
一直没有可靠的史料能证实孝庄与多尔衮之间的关系到底如何，但从蛛丝马迹的推测中，后人也可以得出一些结论。
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孝庄生于明万历四十一年（1613年），在她十三岁的时候，投靠皇太极，而那时多尔衮也不过十四岁的年纪，二人从小朝夕相处，青梅竹马，产生情愫也不是不可能的事情。
但皇太极却娶走了孝庄，多尔衮很可能出于报复，或是旧情未了，借着权势，逼迫孝庄下嫁，这也是有可能的。
还有一说是，摄政王多尔衮在逼死政敌豪格后，娶了豪格的福晋，来自科尔沁蒙古草原的博尔济吉特氏。但是民间却以讹传讹，说是当今皇太后，同样来自科尔沁的博尔济吉特氏下嫁多尔衮。
文人们还写成文章，编造了种种传说，生动描绘了皇太后和摄政王的亲事。野史中所载的大婚恩诏，显为文学笔法，系好事者杜撰，自不足信。
不论史书如何记载，孝庄死了四十年后才下葬，此事千真万确，所以，后人才对太后下嫁这件事议论纷纷，不过事关皇族尊严，在清代档案和典籍中没有任何记载。清朝对她尊崇备至，极尽歌功颂德之事，在陵寝祭祀方面也把其放在首位。
