两个日本朝贡团在宁波的血腥火拼，令明帝国取缔了日本的勘合贸易，为走私打开了广阔的空间
到了1467年，统治日本的足利将军家，发生了内乱，史称“应仁之乱”，自此，日本进入了“战国时代”。
“应仁之乱”中，大内氏迅速崛起，开始争夺原先由细川氏所控制的对华贸易，单独派出使团到中国朝贡，而争夺中国的“勘合”至为重要。大内氏从幕府派往中国的贡使手中，夺得了明朝正德皇帝(1505-1521在位)的“勘合符”，细川氏也不甘后人，从幕府手上拿到了之前弘治皇帝(1488-1505在位)颁发的“勘合符”。显然，细川氏手持的“勘合符”已经过期失效。
更大的流血冲突，便在嘉靖二年(1523)爆发。
细川氏的正副使节鸾冈端佐、宋素卿等逃出宁波，宗设谦道一路追杀到了绍兴，然后又杀回宁波，沿途追击的明军及无辜百姓不少被杀，明军多名将领也同时遇难，宗设等“大肆焚掠，所过地方，莫不骚动，藉使不蚤为之计，宁波几为所屠矣”(明代薛俊《日本国考略·朝贡篇》)。最后，宗设谦道在宁波夺船出海，还劫走了其所俘虏的明军指挥使袁琎。
朝廷震怒之下，下令锁拿了细川氏的正副使节鸾冈端佐、宋素卿，而逃走的大内氏使团中，有一艘船被风吹到了朝鲜海岸，朝鲜将船上的数十人悉数缚送给明帝国。经过几方对质，才发现，祸源在于细川氏使团的副使宋素卿向浙江市舶司主管太监赖恩贿赂，赖恩枉法，导致这场大风波。判决的结果是，宋素卿被判死罪。
这场风波之后，明帝国并未取消日本的朝贡。3年后(嘉靖四年，1525年)，明世宗(嘉靖皇帝)令琉球入贡使向日本国王转交一封信，要求将宗设谦道逮捕归案，否则断绝朝贡，但杳无音讯。
嘉靖六年(1527)，巡按御史杨彝上奏说：“旧例日本入贡，以十年为期，徒众不得过百人，贡船不得过三只，亦不许以兵仗自随。至正德六年以后，使臣桂悟、宗设等各从众五六百人，又副使宋素卿等一百五十人。各诘真伪、争端滋起。请令布政司移咨本国，今后遣使入贡，务遵定例，倘违定行阻回。仍行巡海备倭诸臣，修战具，谨烽堠，选锋蓄铳，以戒不虞。”(《明实录》)归纳起来，他要求对日本朝贡重申四项限制，即十年一贡、人百、船三、禁止带用兵器，都一并援照旧例。
朝廷随即批准，明确提出日本的朝贡“凡贡非期，及人过百、船过三、多挟兵器，皆阻回”(《大明会典》“礼部·朝贡·日本国”条)，作为一项定规。后来，官居首辅大臣的给事中夏言，干脆上奏建议撤销市舶司，朝廷接受，宁波市舶司被关闭。市舶司的撤除，实际上将中日贸易逐渐逼入地下状态，“市舶既罢，日本海贾往来自如，海上奸豪与之交通，法禁无所施，转为寇贼”(《明史·食货五·市舶》)。
期间，大内氏派遣的两次朝贡，都因不符合规定而被阻挡。更多的日本私人商船，更是无法靠近中国港口，他们转而求助于走私渠道。王直 下海经商的1540年，正是中日间走私贸易最为红火的年份，“输中华之产，驰异域之邦，易方物，利可十倍”(《海澄县志》)。
1551年，大内氏的大内义隆因内乱(大宁寺之变)被杀，继位的大内义长于1556-1557年遣使朝贡，但明帝国又将其视为篡位者而拒绝。6年后(1557)，大内义长又被毛利元就所灭，大内氏政权彻底灭亡，日本陷入混乱，“勘合贸易”完全断绝。从建文三年(1401)到嘉靖二十六年(1547)，日本的朝贡使团共计18批(田中健夫《倭寇与勘合贸易》)，至此成为绝响。武装走私成为主旋律，亦商亦匪的“倭寇”则成为主力军。
