公文是政府机关处理公务和行政管理的重要工具，在各级机关、单位中，“办公”的一个重要内容就是办理和制发文件，即“办文”，办文是每个机关、单位大量的,日常的工作。依靠网络信息技术对公文进行高效有序的电子化处理，是电子政府建设的重要组成部分，是关系到电子政府建设全局的基础性工程。
据调查，现在政府机关使用电脑进行文字处理已非常普遍，一些单位还不同程度地实现了公文运转电子化管理，对收文办理、发文办理的登记、审核、拟办、运转等环节进行管理，实现了公文查询、统计、存储、流转的电子化及内部网络互联；部分单位对公文数据库中的公文由标题、来文单位等基本要素和运转过程管理，扩展为部分公文的全文入库管理; 一些部门已经实现特定网络，如政府专网、专业部门网上的部分公文上报、下发的无纸化传输; 少数单位实现全部公文的网络传输和电子化管理。
七大问题之一：对电子公文的性质和作用认识不足
长期以来，一些人将公文处理电子化误认为就是办公室内的文字处理电脑化，不少领导干部习惯于传统的办公方式，至今不会使用或不愿意使用电脑和网络，认为这是办事人员的事情，不能从根本上认知信息化、电子化给传统政府办公方式带来的革命性转变，造成机关办公自动化、公文电子化链路的中断，使无纸化办公无法推进。
七大问题之二：系统功能单一，层次不高
电子公文处理系统就是利用电脑网络功能，实现从公文的起草、审核、批示、分发及来文登记、归档、承办、传阅等一系列综合性的公文流转全程管理。在办公自动化系统中，公文处理是较为复杂的一个子系统，其复杂度体现在两个方面：首先公文系统是一个纵向、横向交错的综合结构的系统，从纵向看，公文系统被多级组织共同使用，从横向看，公文系统被同级的多个职能部门共同使用，不同组织级别的公文系统具有不同特点; 其次公文处理流程具有多样化特性，一般来说，不同组织级别的公文处理流程不同，由于受到多方面因素的影响而变得复杂多样。
总之，目前电子公文处理系统设计方案还没有完全走出传统公文处理思维方式，在公文流程上一味用电脑软件去模仿传统的手工处理模式，不重视软件的开发和办文业务流程的再造和整合。
七大问题之三：安全隐患不容忽视，保密观念还需加强
电子公文的出现，使秘密的载体发生了革命性变化，信息传播从“有形”走向“无形”，容易使人产生思想上的麻痹。过去的“锁好柜”、“关好门”、“看好人”的保密措施已难以适应时代的需要。一些机关、单位对纸质公文的保密很重视，而对储存在软硬盘上的电子公文则随意处置，更谈不上进行保密管理。另一方面，电子公文在网络环境中传播和存储，极易受到黑客攻击，造成公文失密、信息被盗、被删除或被改写等严重后果，对电子公文安全性的担忧，在很大程度上遏制了公文处理电子化的推广。
七大问题之四：资金投向失衡，开发与应用脱节
对电子公文的开发和利用还缺乏正确的认识，重硬件、轻软件，重建设、轻应用，重网络、轻信息的现象仍然比较突出。长期以来政府信息部门的大量建设资金投入到硬件设备上，应用部门缺乏信息收集、更新、深加工的专项资金和技术。
公文处理电子化要求对传统的公文处理业务规范化、数字化，这需要做大量基础性的工作，如规范办文流程，对现有的一些公文处理格式化、标准化，制定系统代码、系统分类等。而目前，管理者、应用者、技术人员三者之间缺乏业务的沟通、协调和融合，以至于出现有些系统开发出来后从来就没有被应用过的现象。
七大问题之五：规划滞后，标准不统一
目前与公文有关的国家标准或办法主要有《国家行政机关公文格式》(GB/T 9704-1999)和《国家行政机关公文处理办法》，都是针对纸质公文制定的，虽然对电子公文也有所考虑，但这方面的规范还十分简单和粗疏，无法适应公文处理电子化的需要。一些机关、单位在管理电子公文、设计公文处理软件时，往往各行其是，自成系统，采用的标准也各不相同，造成新的重复建设，资源不能共享，给今后电子公文传输和系统整合留下了难题。
七大问题之六：复合型人才缺乏，公务员知识结构亟待改善
实施公文处理电子化，需要既熟悉公文处理业务，又掌握现代信息技术的复合型人才。电子公文处理系统将公文的制发、审签、运转、传输等各个环节电子化、网络化，这就要求各环节、各部位人员，包括审核、签发文稿的领导同志，都能够掌握电脑操作技能。现有机关工作人员大多限于知识储备的不足，对较复杂的电脑应用和信息系统的管理难以适应。
七大问题之七：电子公文立法空白，效力难以认定
目前我国电子公文尚不具备与纸质公文同等的法定效力，这已经成为无纸化办公和电子政务发展的瓶颈。政府公文的电子签名、电子签章、电子指纹等从技术上讲，已经不成问题，但其法律地位还没有确认; 从网络上下载的公文，权威性不强、可信度不高，尤其是作为法律、法规、政策依据提供使用时，效力难以认定; 另外，如果仅仅是电子公文，在归档时也不被认可。这些问题如果迟迟不解决，电子公文将继续停留在现有的水平，难以有根本性突破，电子公文与纸质公文“双轨”运行，无纸化运行就难以实现。
