四魂之玉」是一颗灵力很强的宝玉。相传是在几百年前，一位法力高强的巫女名叫翠子，具有抽出灵魂净化之术及除魔的能力。大量妖怪为了对付她，包括鬼怪、龙、土蜘蛛及其他妖怪，于是集结合体成为最强妖怪。在与这妖怪的长期战斗中，翠子因不敌，于是用最后的力量夺走妖怪之魂，溶入 自己的灵魂中，再释放出体外，因此翠子和妖怪都死了，只剩下魂的结晶，这就是「四魂之玉」。
四魂
翠子之所以会使用出灵魂净化之术，是因为这世上无论是人类、动物或草木，都具有四个魂，四魂分别是荒魂、和魂、奇魂、幸魂，集合这四魂为一灵，寄宿于肉体内就成为心。荒魂是勇气、和魂是亲情，奇魂是智慧，幸魂是爱情。这四魂如果往正面发挥作用，就会成为正灵，让人心确保正道。反之，如果做坏事，四魂就会往邪恶的方向发挥作用，成为邪灵的人，会走入魔道。
那么四魂之玉会依拥有者而定，可以变成善、也可以变成恶，在妖怪或坏人的手中，会增加污染，例如:奈落；落在具有清纯灵魂的人手中，则会净化，例如:桔梗,戈薇（桔梗的转世，带着四魂之玉来到战国）
巫女翠子
翠子与妖怪同归于尽，他们的灵魂结合成四魂之玉，但由于翠子临死前无力完成对玉的净化，所以他们的战斗却没有完结，魂魄在玉里持续战斗，永无休止.......
故事开始
四魂之玉在妖怪与人们的手中传来传去，为防止「四魂之玉」落在妖怪身上(因为这玉能令妖怪妖力增加，也能灭魔)，于是当一位驱魔师村落的族长(也就是珊瑚和琥珀的父亲）获得四魂之玉时，就将玉交由一位灵力高强的巫女-- 桔梗守护，过去不少妖怪都想抢夺这玉，但都被桔梗消灭。后来桔梗结识了同样前来夺玉的半妖犬夜叉，在深入的了解后，知道他并非邪恶，犬夜叉也在桔梗的感化下而想成为人类，于是二人相爱了，并约好了桔梗净化四魂之玉；犬夜叉化妖为人的时间。但是邪恶的半妖奈落诞生了，他化身成犬夜叉的样子和桔梗的样子，在两人约定好的时间去攻击他们，奈落想借他们因误会而产生仇恨，令玉受到污染。桔梗在奈落的偷袭下身受重伤并封印了因感到受骗而企图夺玉的犬夜叉，在临死前她没有利用「四魂之玉」来令自己复活，而是带著玉火化而死...
桔梗含恨而死；犬夜叉被封印，而随着四魂之玉的消失，奈落也不知所踪......一切在那时本该已全部结束了。但是，500年后，体内蕴藏着四魂之玉的桔梗的转世出现在了现代的东京，名叫日暮戈薇。在15岁生日那天，戈薇被企图夺玉的妖怪百足上拉进了神社的古井---食骨之井，并意外的由现代回到战国时代，后来戈薇为了逃避百足上的追杀而进入犬夜叉之森并将犬夜叉的封印解除。犬夜叉杀死百足上，却又因过去与桔梗的过节而也想要夺取戈薇手中的四魂之玉，成为完全的妖怪，幸被枫婆婆及时抛出的言灵念珠制服。四魂之玉重现于世，只是大大小小的邪魔恶鬼闻风而来，纷纷前来夺取四魂之玉。在在争夺四魂之玉的混战中，四魂之玉却被戈薇在无意中打碎，变成成千上万的四魂之玉碎片碎片，分散到了全日本。无奈，两人只得开始寻玉之旅，而蛰伏已久的奈落也藏匿在某个晦暗不明的角落蠢蠢欲动了......
......
最终，戈薇消灭了奈落，净化了四魂之玉（就是四魂之玉消失了），留在了战国时代，嫁给了犬夜叉，弥勒和珊瑚也有了三个孩子，杀生丸将小铃托付给枫婆婆抚养(也就是桔梗的妹妹)，七宝也在为修得正果而努力，琥珀也活了下来，大家一起朝着明日活下去！
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