本作与本篇不同，是以御坂美琴为主角的漫画。此外，爱慕美琴的白井黑子也是主角之一。
[2]故事发生在面积占据东京都的三分之一，居住着230万名人口，其中八成人口是学生的巨大都市“学园都市”。学园都市和外部隔离，研究最尖端科技。所有学生都接受超能力开发，并大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（LV0）、低能力者（LV1）、异能力者（LV2）、强能力者（LV3）、大能力者（LV4）、超能力者（LV5）、绝对能力者（LV6，实际只是理论上存在进化为LV6的可能，并没有哪一个角色成功进化为LV6。在本篇《魔法禁书目录》中，最强的LV5一方通行被树形图的设计者(Tree Diagram) ，就是世界上最强悍的一台计算机认定为唯一有可能进化为LV6的人，“妹妹计划”也由此展开）。每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次。女主角御坂美琴是就读于学园都市名门贵族女校“常盘台中学”的十四岁少女。在学园都市中只有七人的等级五超能力者排行第三。拥有操纵电击的能力，因此被称为“电击使”。
本作，不但通过美琴的视角来描绘学园城市的平常而不平凡的日常生活，也叙述了学园城市秘密进行地有非人道性质的实验，从而使大家对于本作及本篇魔法禁书目录的背景（世界观）的认识也慢慢变得清楚。 注：本作是《魔法禁书目录》的官方外传（非同人），时间轴与《魔法禁书目录》平行，并非续作。
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第一集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTIyODc0OTcy/v.swf[/flash]
第二集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTY1MzI5OTEy/v.swf[/flash]
第三集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTI2MjQwODc2/v.swf[/flash]
第四集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTI3Mzc3NjA4/v.swf[/flash]
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第七集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTMxODk3ODQ4/v.swf[/flash]
第八集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTMzMzg5Njgw/v.swf[/flash]
第九集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTY1NTExMTc2/v.swf[/flash]
第十集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTYyMjM4OTA4/v.swf[/flash]
第十一集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTM3OTg1ODY4/v.swf[/flash]
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第十六集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTQ3NTE5NTMy/v.swf[/flash]
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第二十集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTUzMTE2MjY0/v.swf[/flash]
第二十一集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTU0NzU2MjMy/v.swf[/flash]
第二十二集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTU2MTg1NjQ0/v.swf[/flash]
第二十三集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTU3NjIzOTky/v.swf[/flash]
第二十四集：[flash=314,256,0]http://player.youku.com/player.php/sid/XMTU5MTc2NTI0/v.swf[/flash]
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