如果说在第一部我们还认为四代的死是因为九尾的话，那么随着第二部剧情的发展，我们越来越确信四代的死是一个大阴谋。尤其是在自来也在与佩恩的决战之前对蛤蟆说的一番话，更证实了我们的猜想。原来自来也早就怀疑九尾对木叶的袭击不是天灾，而是人祸，并且极有可能和宇志波斑有关。但是我经过对火影内容的推测，怀疑四代的死，“根”也难逃嫌疑！
首先，“根”的首领团藏曾经和三代争过火影的位子，但是失败了，纲手曾经说过团藏是一个城府很深的人，这样的人就算是失败了也不会轻易认输，还会找机会东山再起，团藏虽然争不过三代，但是在三代退位后，如果四代死了，他就又有机会了，所以团藏当然希望四代死。
其次，纲手又曾说过，团藏是木叶强硬派的，和一代，二代，三代的主张相反。他们的主张来看：主张战争，消灭一切潜在的敌人，他们应该就是现在政治上的“鹰派”，而三代他们稳健派,也就是“鸽派”：希望和平，主张靠谈判解决问题。四代是自来也的徒弟，也就是三代的徒孙，所以四代理应继承三代的政治理念，也是稳健派的。团藏借九尾这把“刀”杀死四代这个对头一点也不奇怪，从古至今都不缺乏政治暗杀的事件。
再次，也就是最可疑的一点，向来高手如云的木叶，怎么会面对九尾就束手无策，垃圾到必须要“老大”四代出马不可，要知道，火影是木叶的灵魂，是主将，自来也在要潜入雨忍者村侦察的时候，纲手曾要求自来也在危险的时候告诉她，然后她会去救自来也，结果自来也说不用，因为纲手是火影，不能踏入危险的境地。由此可见，木叶村的忍者是不会容许自己的老大陷入危险境地的，那么为什么四代会例外呢?
从鸣人的启蒙教师伊鲁卡口中我们得知伊鲁卡的父母全是死于九尾那一役的，可见木叶村的忍者当时也是拼命抵抗的，但是死伤惨重，所以有人可能会说四代是不得不出手的，他不出手别人都不是对手。可是我认为不是，从晓收集尾兽的过程中我们知道尾兽并非不可战胜的，否则也不会被人多次封印。在大蛇丸联合砂忍攻击木叶的战役中，鸣人的同学鹿丸，宁次，丁次，井野，牙的父母都曾显示过非凡的实力，尤其是宁次他大伯日向日足，更是轻易杀死十多个上忍，这些人都是和四代同辈分的，日向一族更是好称木叶最强一族，那么请问，打九尾时木叶最强一族在哪里啊？趴在被窝里哭吗？还有那个出了斑这个败类的宇志波一族，他们当时还没被灭族，这些人都死哪去了？况且当时三代还活着，三代在打大蛇时曾说如果再年轻十岁就可以杀了大蛇，可见打九尾时三代还很有实力，他明知自己老了，为什么不拼死和九尾同归于尽，反而让年纪轻轻的四代上去送死呢？除非是有什么事让他们脱不了身！
第四，就是自来也在走前对纲手的忠告：“要小心‘根’的人”，可见自来也担心“根”会对纲手不利，甚至“根”很有可能具有前科，也就是“根”曾对四代不利过。我们都知道木叶的忍者都应对火影效忠，单惟独“根”的人是只听从团藏一人的，再加上“根”所具有的实力（看看佐井的实力），使他们具备了叛变的条件！“根”这个组织从出场到现在就做了一件大事：就是派佐井暗杀佐助，之后就不见踪影，岸本会傻到费那么多心思塑造一个龙套？所以“根”一定有他存在的价值，这个价值也许就是岸本要在后面讲述的他如何害死了四代
第五，“根”这个组织为什么现在才出来，之前为什么不做交代，纲手曾对小樱说团藏之前失踪了很久，他为什么要失踪，会不会是因为他害死了四代不得不跑路，直到知道真相的三代死了才敢回来，他失踪的这段时间又哪去了？会不会在计划新的阴谋？
最后，就是团藏和宇志波斑是什么关系?斑是和一代二代同时代的，团藏和三代是同时代的，那么团藏就是斑的后辈，三代是一代和二代的徒弟,但是团藏的师父是谁一直没有交代,开创木叶的就是那么几个人,那么很可能团藏是斑的徒弟，两个人都属于强硬派,斑是因为实力强劲因此办事强硬,团藏就是继承了斑的理念!要知道斑就是因为和一代二代理想不和才出走的，甚至有可能连“根”都是斑创建的。如果是这样的话，那么就一切都顺理成章了
综合上面的疑点，我认为合理的解释就是斑和团藏是师徒两个，斑和一代的政见不和，因此创建了“根”，之后斑出走，还和一代打了一架，团藏就接手了“根”，为了实现自己的理念，还和三代争火影，失败后不甘心，和斑联手想制造政变，于是斑召出了九尾，妄图借九尾之手吸引三代四代，“根”就趁机在木叶实施政变，但是四代知道了他们的阴谋，和三代一起平定叛乱,但是此时九尾又袭击村子,四代派部分人去拦截九尾,可九尾强大,那些人拦不住,四代不得不亲自去拦,本来四代的实力足以制服九尾,但因为平定叛乱时耗费了大量查克拉,因此虽然封印了九尾,自己也力尽而亡,而三代等高手因为要平定叛乱才分身乏术，无法支援四代，我猜这也是为什么木叶村在九尾一战中损失惨重的原因，高手们都被留在了村中平定叛乱，只有中忍和下忍跟着四代去了，结果就被九尾一顿杀，四代看不下去了，惟有自己出手了。死前怕自己死后没人对付得了斑，就把九尾封印在自己儿子身上，希望他长大后能保护村子。叛乱被平定后，团藏便失踪了，而此时木叶也元气大伤，为了保存实力，才不追究“根”中叛乱的人，但是将“根”解散，为免家丑外扬,对外只说是遭到九尾袭击.因此外界也不知有团藏叛乱这回事,三代死后,木叶实力又是大减,团藏知道这时木叶需要他和他的"根",不至于追究他的责任,这才又回来了,也有可能是木叶的顾问小春老师请他回来的,小春老师是和三代同辈的,很有权利,就是她让佐井加入卡卡西班的!
作为"根"的一员悍将,佐井曾多次暗杀一流上忍成功,由此可见"根"的实力
