拉藏汗掌握大权以后,对第六世达赖喇嘛多方责难。还特派人员赴京师,谗言桑结嘉措勾结准噶尔人,准备反叛朝廷。还说,第悉 ·桑结嘉措在布达拉宫立的仓央嘉措不是第五世达赖喇嘛真正的转世灵童,他终日沉湎于酒色,不守清规,请予废立。康熙帝即派侍郎赫寿等人赴藏,敕封拉藏汗为 “翊法恭顺汗”,赐金印一颗。命将仓央嘉措从布达拉宫的职位上废除,“执献京师”。
遵照谕旨,废掉仓央嘉措以后,不久即“解送”北京。在哲蚌寺前的参尼林卡为其送行时,哲蚌寺僧人将其强行抢至该寺的甘丹颇章宫中。拉藏汗闻报后,立即派兵包围了哲蚌寺,寺僧们亦准备武力抵抗,双方即将发生流血冲突。仓央嘉措见此情形于心不忍,便自动走到蒙古军中,立地平息了这场一触即发的战斗。然后,从北路进京,抵达青海的贡噶诺尔时圆寂,时年25岁。这是传记中的普遍说法。所以,布宫里唯独没有六世达赖的灵塔。