春秋末期，孔子创立了儒家学派。孔子去世后不久，儒家学派开始分化，到战国时期，形成了所谓的儒家“八派”。在战国的儒家“八派”中，以孟子和荀子所代表的学派最为重要。孟、荀两派虽有争论，但却共同以孔子为自己的宗师，以《诗》、《书》、《礼》、《乐》、《易》、《春秋》“六经”为经典，主张礼乐、仁义和中庸之道，重视道德教育和心性修养，提倡以德治和仁政为基础的“王道”政治，维护君臣、父子、夫妇等社会伦理关系，这些内容成为后来儒家所尊奉的最基本的主张。
汉武帝“罢黜百家，独尊儒术”，立五经博士，开弟子员，设科射 策，儒学开始成为中国封建时代的统治学说。汉代的儒学以经学的形式展开，于是，儒学中的派别也就以经学中的派别人微言轻其主要的标志。在西汉时期，盛行的是今文经学派。今文经学派中又可细分出许多小的派别，其中最有影响力的是《春秋》学中的“公羊学派”。今文经学派对西汉的政治有很大的影响。从西汉末期开始，刘歆提倡古文经学。发展到东汉，古文经学派开始崛起。虽然今文经学仍在政治上起重要作用，但在学术上，古文经学逐渐产生取代今文经学的趋势。到东汉末期，经学大师郑玄立足古文，兼采今文，融会贯通，遍注群经，形成了以古文经学为主的“通学派”（亦称“郑学”或“综合学派”），并得到了十分广泛的流传。
曹魏末期，王肃利用其在政治上所拥有的势力，试图与郑玄“通学”立异，他同样也遍注群经，形成了所谓的“王学”。至西晋初期，司马氏当政，“王学”与“郑学”两派并立为官学。实际上，这两派有很多共通之处，他们都是今文经学派和古文经学派从对立到混一的产物。魏晋这际，又有玄学学派的崛起，玄学家“援道入儒”，力图以道家的语言来解释儒家经典，而实质上是想调和儒、道两家的思想。南北朝时期，政治上的分裂也导致了儒学的分化，当时有所谓“南学”、“北学”之分。隋唐时期，全国政治统一，唐初的孔颖达奉旨编成《五经正义》，以“南学”为主统一了南北的“义疏”之学。但是，从总体上说，南北朝至隋唐期间，儒学的学派特征并不明显，基本上是东汉古文经学的延续。
儒学发展到北宋时期，进入了一个新的历史阶段，形成了儒学中的“理学”或“宋学”形态。理学产生的背景颇为复杂，它既是儒学自身矛盾运动的结果，也是在外来异质文化的挑战和冲击之下，中国固有文化传统所作出的创造性的回应，同时又与中国封建社会的阶段性转型的政治特点联系在一起。理学正式崛起于北宋仁宗的庆历之际，最初有以胡瑗为代表的“安定学派”和以孙复为代表的“泰山学派”等，这些学派对否定旧有儒学形态笺注经学有很大的贡献，基本上完成儒学从章句训诂之学向性命义理之学的转化。到了北宋神宗的熙宁、元丰之际，义理之学中的性理之学成为主流，出现了以周敦颐为代表的“濂学”，以张载为代表的“关学”，以程颢、程颐兄弟为代表的“洛学”，以王安石为代表的“荆公新学”，以邵雍为代表的“象数学”，以苏轼为代表的“蜀学”，以司马光为代表的“涑水学”等诸多理学流派。在这些学派中，相对说来比较重要的是“濂学”、“关学”、“洛学”和“荆公新学”。
从南宋开始，二程的“洛学”蔚为理学之大宗，发展成为以朱熹集大成的“闽学”，即后世一般所说的“程朱理学”。就在讲求“道问学”的程朱理学派形成之同时，理学内部也出现了反对派，那就是讲求“尊德性”的陆九渊“心学”一派，即所谓的“象山学派”。此外，当时还有讲求“事功”的浙东学派，包括以吕祖谦为代表的“婺学”（亦称“吕学”）、以叶适为代表的“永嘉学派”、以陈亮为代表的“永康学派”。
元、明二朝，沿理学的路子走下去。程朱理学由于得到朝延的支持和提倡，登上了“正 统”的宝座，成为占统治地位的思想学说。但正因为如此，程朱理学一派丧失了发展的余地，而理学中“心学”一派，由于得到王阳明“王学”的加入而变得富有生气，发展到了明中叶以后，“王学”十分流行，衍生出许多小的流派。但是，“王门后学”后来变得日益空疏，流为“狂禅”，这标志着宋明理学已经走到了它的尽头。明末清初，出现了一批批判总结宋明理学的学者，就学派而言，东林学派已经对“阳明学”有所驳正；由黄守羲首开的清代浙东学派则对宋代理学尤其是象数学多所批评；由顾炎武倡导的“舍经学则无理学”的学术取向，则直接导向后来的考据学派；而以颜元、李恭为代表的“颜李学派”，则由批判宋明理学的空疏而主张“践履”的实学。
清代的儒家表现为经学的复兴。表面上，程朱理学仍然是官方正统学说，但实质上清代的学术主流已不是理学，而是以回归儒经原典的考证之学为大宗。儒学的这一重大转向，就外因而言，主要是由于异族入主中原后采取防范知识分子的高压政策。就内因而言，则是儒学自身演进的内在逻辑，即理学内部“道问学”与“尊德性”两派各是其是的争论，促使一部分儒者另辟蹊径，回归儒经原典去寻找孔孟原儒立论的依据。从学派上区分，清儒有“吴派”、“皖派”、“浙东学派”、“扬州学派”、“常州学派”等。此外，还有对考据学派不满的清代“宋学派”，它主要以崇尚文辞的“桐城派”为代表。这其中，最重要的是“吴派”、“皖派”和“浙东学派”。“吴派”志于惠周惕而成于惠栋，主张搜集汉代经师注解，另以疏通，以阐明儒经大义。“皖派”志于江永而成于戴震，主张从音韵、训诂、天算、地理、音律、典章制度等方面入手，阐明经典中的大义和哲理。由黄宗羲开创的清代“浙东学派”与吴、皖两派有一定的关联但又不尽相同，其主要特色是经史并重。
历史演进至清代道光、咸丰年间，乾嘉时期盛行的考据之学已发展至极，于是儒学又生变局，一方面是清廷“文字狱”的恐怖氛围在一定程度上有所淡化，另一方面则是新的社会政治危机正在日益加深。主要从“皖派”衍生出来的“扬州学派”，已开始不满于皓首穷经却不解世事的风气。而讲求“微言大义”的今文经学派也开始崛起，出现了以计存与、刘逢禄为代表“常州学派”；鸦片战争爆发前后，属于“常州学派”的龚自珍、魏源，打出《春秋》“公羊学”的旗号以议时政、思变革。
近代儒学的学派比较简单，主是今文经学派，从龚自珍、魏源开其端，经戴望、廖平至康有为、梁启超，儒学研究与经世、救亡、图存紧密地联系在一起，最后发展到“托古改制”的维新改良运动。古文经学派则基本延续了“乾嘉学派”的风格，但其学术取向也发生变化，尤其是到了章太炎那里，从儒学的研究中引出国民的民族意识，以作为反清排满、民族救亡的理论武器。此外，近代还出现一批调和“汉学”、“宋学”的学者，主张“汉宋兼容”，其中以曾国藩为代表的“湖湘学派”比较突出，他们从“桐城派”那里发展而来，但在“考据、词章、义理”之外又加上“经济”的内容，表明了时之使然不得不变的趋势。
“五四”新文化运动以后，严格意义上的儒学学派已经不复存在，但就儒学研究而言，“古史辨派”和“新儒家”基本上形成一个学者群，所以不妨也以学派来看待。
