基本知识
上帝说，我会回来的，当我回来时，我要毁灭这个世界！
挪亚遵从上帝的旨意建造了方舟，使地球上的生命从大洪水中存活了下来。这次大洪水是上帝的惩罚，被称为第一次冲击。从考古学的角度来说，远古确实有过一次毁灭了世界上大部分人口和许多史前文明的大洪水，并留存于世界上各个民族的传说中。
公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是Adam与Lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制Adam与Lilith的S^2机关，将Adam与Lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，Adam与Lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反ATField力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管Adam与Lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是Adam与Lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13 日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3 新东京市地壹中学校内。
2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。
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