达赖和班禅是西藏黄教领袖宗喀巴的两大传承弟子，后来形成两个不同的传承系统。
达赖喇嘛的称号始于1578年，确定于第三世达赖索南嘉措时期。当时他到青海地区传教，说服了土默特部的首领俺答汗皈依佛门，他们在政治上彼此推祟并互赠尊号。俺答汗赠给索南嘉措的尊号：“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。
“圣”在佛教中表示超出凡间；“识一切”是普遍通晓之意，认为是显宗方面取得最高成就的人；“瓦齐尔达喇”为梵文，意为执金刚，是在密宗方面有最高成就的人的称号；“达赖”是蒙语“大海”；“喇嘛”是藏语“大师”。合起来说，就是在显宗和密宗两方面都修到最高成就的，超凡入圣而学问渊博犹如大海一样的上师。这个尊号仅是蒙藏代表人物私人之间的互赠，尚不具有政治及法律意义。
当时，俺答汗已受明朝册封为顺义王。索南嘉措托俺答汗代他向明朝皇帝请求册封；他本人也向明朝宰相张居正致函，要求朝廷给他赐封。不久，明朝万历皇帝降旨，赐给他的封文中就有“达赖”的字样。1587年明朝政府正式承认这一称号，并派使节加以敕封。索南嘉措得此称号之始，为三世达赖喇嘛。前两世为后人追认。由此往前追溯，宗喀巴的弟子根敦珠巴为一世，根敦嘉措为二世。
1653年(清顺治十年)，五世达赖应清帝之邀来到北京。顺治皇帝沿用了俺答汗对三世达赖的尊号，正式册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并授予金册和金印(金印刻有汉、满、藏三种文字)。从此，“达赖喇嘛”封号开始具有政治意义和法律效力。
1751年，清朝为了更好地治理西藏，又令七世达赖喇嘛掌管地方政权，开始政教合一。1959年流亡在印度的是第十四世达赖。
班禅的称号始于1645年，当时控制西藏实权的蒙古首领固始汗封称宗喀巴的四传弟子罗桑确吉坚赞为“班禅博克多”。“班”是梵文“班智达”，汉语意为“学者”；“禅”是藏语“钦波”，汉语意为“大”，合起来是“大学者”的意思。“博克多”则是蒙语，指有智有勇的英雄人物。固始汗令罗桑确吉坚赞主持扎什伦布寺，并划分后藏部分地区归他管辖，称为四世班禅(前三世为后人追认)。宗喀巴的弟子克珠杰被追认为第一世班禅。
1713年，清朝的康熙皇帝正式册封第五世班禅罗桑意希为“班禅额尔德尼”(满语意为“珍宝”)并赐金册金印，称为班禅五世。从此，确立了班禅在格鲁派中的地位。
达赖和班禅两个喇嘛系统均采用独特的活佛转世制度。达赖系统转世制始于三世达赖。班禅系统转世制始于四世班禅。除达赖和班禅两大活佛外，一些大的寺院也实行活佛转世制度。藏传佛教认为活佛是永恒的，通过连续不断的“转世”来到世间生活。因此一位活佛圆寂时，就要根据种种“征兆”和“启示”，来确定活佛转世的方向和地点，然后再派人沿着一定方向寻找被认为是活佛化身的“转世灵童”。有时找来的“灵童”不止-个，会出现纠纷和争执，因此清乾隆皇帝于乾隆五十七年(1792)特颁发两个金瓶，一置北京雍和宫，一置拉萨大昭寺。凡在理藩院注册的藏传佛教蒙、藏大活佛，如章嘉呼图克图、哲布尊丹巴、达赖、班禅等转世时，均须将寻得的若干“灵童”的名字写在象牙签上，置于金瓶中，由理藩院尚书在雍和宫或由驻藏大臣在大昭寺监督掣签来确定“灵童”，然后经过“坐床”仪式，便正式成为“转世活佛”。
藏传佛教格鲁派有两大活佛转世系统，一个是达赖喇嘛，另一个为班禅额尔德尼。转世系统虽然不同，但达赖和班禅的宗教政治地位是平等的。达赖与班禅个人之间互为师徒，关系颇为密切。班禅方面：一世班禅为一世达赖之师；四世班禅为四世、五世达赖之师；五世班禅为六世、七世达赖之师；六世班禅为八世达赖之师；七世班禅为九世、十世、十一世达赖之师；八世班禅为十三世达赖之师。达赖方面：五世达赖为五世班禅之师；七世达赖为六世班禅之师；八世达赖为七世班禅之师；十三世达赖为九世班禅之师。
1933年12月17日，十三世达赖圆寂。1938年冬，在青海寻访到“灵童”，被认为是达赖转世的化身。1939年3月，国民党政府派蒙藏委员会委员长吴忠信入藏。1940年2月22日，十四世达赖在布达拉宫举行了继承职位的仪式“坐床典礼”。
据说，寻觅灵童，主要遵照以下三点精神：①十三世达赖圆寂时，面向东，暗示将转生东方；②乃穹(护法神)降神说达赖将转生东北汉人地方；②热振(大活佛之一，地位仅次于达赖、班禅)观海，海内现一农家，位马路将尽处，门前巨柳一株，旁系白马，有妇人抱小儿立树下。热振将海中所现情景，请画师详细绘出，并派格桑活佛及古桑子二人，按图向东北方向寻访，费时二年之久。果然在青海寻获灵童家庭，当时的情景与热振观海所见的完全相同。于是，古桑子伪装阔商，格桑活佛扮作仆从，共至灵童家借宿。灵童对阔客竞不理采，而对“仆从”格桑活佛却表示好感，与他亲近，抚其面捋其须，并将其项间所挂念珠一串摘下说：“这是我的东西，现应归还我！”格桑活佛是十三世达赖亲近侍从，念珠确为达赖所赐。接着格桑等复出茶杯十多只，其中新旧参差，色泽亦不一致，让灵童自选，灵童不取其中最大最美的，而择一淡黄色旧杯，也是十三世达赖旧物。如此反复试验，无不应验，于是确认其为达赖化身。
1939年7月，灵童自西乡启程，10月初抵藏。抵拉萨后，西藏僧俗欢喜若狂，入城之日，远道来此赡礼者，逾数万人。后抵罗布林卡，受西藏官民公开朝拜。参拜时，或献五供，或献布帛，或献金钱，均由专司喇嘛接收。灵童高坐上位。总堪布旁立侍应。拜者献物后，即趋至灵童座前，以头就供桌，灵童或摩之以手，或举拂尘略拭其发，或竟置之不理；受摩顶者庆幸可以超脱苦海；被忽略者，惟自恨轮回未尽。参拜后，藏民退出，藏官则围坐殿内，由喇嘛二人，各以巨壶盛酥油茶，以巨罐盛米饭，分给在座者。藏官均于怀中取出木碗，接茶少许，尽力饮之；饭则用于抓食。据说此为佛赐，食之可以长生。
1940年2月22日，吴忠信委员长主持灵童坐床典礼。灵童升座后，热振起立向他行三叩首礼，司伦及三噶伦亦继热振起立，向灵童叩首。经过诵经等程序后，给灵童戴上一尖顶黄缎僧帽，表示加冕之意。从此以后，灵童便可正式称达赖。
小达赖渐渐长大，在专职经师的教育下学经习礼。学经的生涯是辛苦的，他每日的功课是研究显、密两宗教义，搞清各世活佛及佛教的历史，背诵经文。
达赖转世的认定，一般要经过以下程序：
1. 观察达赖圆寂时面向，了解有什么遗言或暗示。
2. 请在世的班禅问卜，判断转世方向。
3. 召集摄政和僧俗要员，让专职降神的乃均、曲均降神，指明转世方向。
4. 请山南桑耶寺的降神喇嘛曲将降神，指明转世方向。
5. 派大德高僧到拉萨东部的曲科甲圣湖观察转世地方的地貌特征显影。先向湖中抛撒哈达、宝瓶药物等，然后择地诵经祈祷，静观湖面显现幻影，最后描绘出转世地的环境和特征。
6. 摄政将卜征和湖上显征绘成图，派出许多大德高僧分几路前往确定的方位分头寻找。
7. 在卜算方位发现与卜征和达赖圆寂大致同时出生的男孩后，先观察其长相与动作，然后将达赖生前用过的物品与其它杂物混摆在小孩面前任其抓拿，并进行智力测试，看其有无"灵异"现象。
8. 如小孩表现“灵异”，又抓拿达赖用过的物品，选灵童的人便嘱咐其家人要认真照看小孩，不让外人接触。同时回去向摄政等汇报。
9. 摄政择吉日邀请三大寺活佛和僧俗官员一起，再请乃均、曲均降神，如无误，则报告驻藏大臣，征求中央王朝的意见，并准备迎接。
10. 由侍候达赖的“三大堪布”和官员、军队组成庞大的迎接队伍，前往接请“灵童”，连其家人一同接到拉萨。
11. 如果只选到一名“灵童”，就直接请驻藏大臣报请中央，请予免去“掣签”而直接册封。如果有多名“灵童”，那就要召集摄政和大活佛、高僧及官员到大昭寺，由驻藏大臣亲自主持“金瓶掣签”活动，将写有各“灵童”姓名的签放入瓶内摇后当众掣出，定夺达赖转世。定为转世者，其家人被封为贵族。落选者也有较好的安排。
12. 被确定的“灵童”直接送至公塘寺或哲蚌寺学习经典。
13. 由班禅亲自为达赖转世者剃发受戒取法名，并亲自教育转世灵童一段时间。
14. 在中央王朝册封令下达后，择定吉期，由摄政、驻藏大臣和各寺高僧、官员陪同前往大昭寺，先向殿中的“当今皇上万岁万万岁”牌位献哈达，再进内朝拜释迦牟尼佛像。
15. 向布达拉宫进发，在日光殿举行“坐床典礼”。仪式后，新的达赖正式确定，开始使用达赖的金印、权力。
十大呼图克图，是格鲁派内有“国王化身”之称的大活佛，地位仅次干达赖、班禅，在达赖年幼时，有资格出任摄政王等高官。
